Główne obszary działalności naukowej Instytutu to badanie zróżnicowania, geografii i historii świata zwierząt, a także ekologia, biologia i ochrona zwierząt.
Siedziba Instytutu znajduje się w Warszawie. Mamy również trzy terenowe stacje badawcze: w Łomnej koło Warszawy, w Ustrzykach Dolnych (Bieszczady) i w Gdańsku-Górkach Wschodnich.
Dyrektorem Instytutu jest dr hab. Tomasz Mazgajski. Zastępcą Dyrektora ds  Naukowych jest dr hab. Robert Rutkowski, prof. MiIZ. Działalność naukową Instytutu nadzoruje Rada Naukowa.
Instytut posiada nowoczesną pracownię technik molekularnych i biometrycznych. W Muzeum Instytutu znajdują się jedne z największych i najcenniejszych w Europie zbiorów zoologicznych. Rozwój w dotychczasowych obszarach badań charakteryzuje intensywna współpraca międzynarodowa.
W Instytucie znajduje się Centralna Biblioteka Zoologiczna. Wśród licznych wydawnictw naukowych Instytutu znajdują się trzy czasopisma z listy filadelfijskiej.